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青年導師指導能力提升計劃沙龍活動—Large Scale 3D Chromatin Reconstruction From Chromosomal Contacts
  審核人:

報告題目:Large Scale 3D Chromatin Reconstruction From Chromosomal Contacts

           (從染色體接觸重建大規模3D染色質)

報告人:李帥成教授

? 1997-2001:新加坡國立大學,計算機系,榮譽學士;

? 2001-2002: 2001年被邀請加入國立大學“加速碩士項目”,于2002年獲得完成碩士學位;

? 2002-2004:擔任國立大學數據庫實驗室的研究助理,主要從事序列比對研究;

? 2004-2009:在加拿大滑鐵盧大學李明教授實驗室從事蛋白質結構研究。博士畢業后,被滑鐵盧大學頒發杰出表現獎;

? 2009-2011:加州大學伯克利分校博士后,從事蛋白質結構及其他生物信息問題的研究;

? 2011-至今:香港城市大學教授,目前的研究興趣包括生物信息學、算法和機器學習等。

會議時間:2019年7月10日10:30

會議地點:友誼校區圖書館研修間513

會議主持:尚曉婭、盧慧甍副教授

內容簡介:從染色體接觸重建大規模3D染色質

空間折疊可以使沿著核苷酸序列的兩個遠距離的基因接觸。識別這些接觸對于了解基因的活動很重要。在過去的十年中,這推動了諸如hi-c等方法的提出,以檢測遠程交互。通過應用距離幾何技術從Hi-C數據推斷染色體三維結構,人們可以進一步獲得對接觸的了解,Chromsde和Shrec3d等算法已經證明了這一點。

然而,基于矩陣算法的數據集消耗了太多空間和時間。一個涉及了大約30000個位點的100kb堿基分辨率的人類基因組,需要千兆字節來存儲這個數據。在這項工作中,我們提出了一個距離矩陣的簡潔表示方法,極大地減少了空間的消耗。

我們通過求解大規模加權多維尺度問題,給出了一個完整的解決方案,稱為SuperRec,用于從Hi-C數據推斷染色體結構。SuperRec比以前的系統運行速度更快,而且不會影響結果的準確性。使用SuperRec,我們能夠以比現有方法快400倍的速度重建30,000個基因座的結構:SuperRec花費了43分鐘重建結構,而ShRec3D則花費了13天。

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